Hospital Pakar USM berperanan seperti yang berikut:

• berfungsi sebagai sebuah hospital pendidikan, pengajaran dan penyelidikan bagi Universiti Sains Malaysia;
• berfungsi sebagai sebuah hospital rujukan bagi faedah masyarakat selaras dengan keperluan Universiti Sains Malaysia dan Kerajaan Malaysia;
• berfungsi sebagai sebuah hospital yang boleh memohon dan menerima geran penyelidikan klinikal bagi tujuan penyelidikan dari dalam dan luar Malaysia;
• mengadakan kemudahan bagi pembelajaran dan penyelidikan yang akan dijalankan oleh Pusat Pengajian Sains Perubatan, Pusat Pengajian Sains Pergigian, Pusat Pengajian Sains Kesihatan, Pusat Pengajian Sains Farmasi, Institut Perubatan dan Pergigian Termaju dan mana-mana Pusat Pengajian, Institut, Pusat Akademik, Pusat Penyelidikan dan Akademi Universiti;
• bekerjasama menyediakan kemudahan bagi keperluan pendidikan, pengajaran dan penyelidikan perubatan dan kesihatan dengan mana-mana institusi di dalam dan/atau luar negara sebagaimana yang dibenarkan oleh Universiti;
• bekerjasama dengan mana-mana agensi kerajaan dan swasta bagi pemajuan bidang kesihatan di dalam dan di luar negara sebagaimana yang dibenarkan oleh Universiti;
• membantu mana-mana unit di dalam Hospital Pakar USM dalam melaksanakan perkhidmatan perubatan, pergigian dan kesihatan kecemerlangan lain yang berkaitan sebagaimana yang diarahkan oleh Lembaga dari semasa ke semasa; 
• melaksanakan perkhidmatan perubatan dan kesihatan lain yang berkaitan sebagaimana yang diarahkan oleh Lembaga dari semasa ke semasa.